正确处理保护和开发的关系。农业文化遗产作为一个概念，在《重要农业文化遗产管理办法》中定义为：我国人民在与所处环境长期协同发展中世代传承并具有丰富的农业生物多样性、完善的传统知识与技术体系、独特的生态与文化景观的农业生产系统，包括由联合国粮农组织认定的全球重要农业文化遗产和由农业农村部认定的中国重要农业文化遗产。保护是前提，没有保护，开发利用也没有平台，没有载体，也就失去了根基。开发是为了更好的保护，没有开发利用，要保护好也会很难。一方面，加强以生物多样性为核心的农业生态保护，要以传统民俗传统村落为核心，特别要提高古村落在农业文化遗产保护中的地位。另一方面，我国农耕文明历史悠久，数以万计的传统村落遍布各地。当文化遗产保护理念逐渐扩及乡村遗产保护时，却普遍面临缺乏内部动力、不得不长期依靠政府和外来资金支持的困局，需要采取相应对策。同时，鉴于古村落的多重价值考量，需要我们在保护和发展之间做好平衡，把保护、修缮与利用作为农业文化遗产保护和乡村文化振兴的重要任务，以高度的“文化自觉”和“文化自信”来对古村落的“生态、生产、生活”进行系统性保护和可持续性开发。
建立激励机制和参与机制。建立以生态与文化补偿为核心的政策激励机制，对于加强我国重要农业文化遗产发掘和保护工作，以及传承中华农耕文化精华、推进农业绿色发展、实施乡村振兴战略具有重要的现实意义。同时，农业文化遗产具有超越时间的重要价值和强大生命力，是祖先给我们的珍贵馈赠。一方面，它是培育特色品牌农业的重要依托和先天优势，又是发展乡村文化旅游极具魅力的看点。在农业文化遗产保护与利用实践中，要参照自然生态保护的做法对农业生物多样性与农业生态景观保护进行生态补偿，参照对于文物、非物质文化遗产保护的做法对农业技术与文化多样性保护进行文化补偿。另一方面，建立政府、科技、企业、社区、公众“五位一体”的多方参与机制，逐步形成以农业农村部门为主，文化和旅游、文物、生态环保、科技、教育等多部门共同参与的工作机制。与此同时，农业文化遗产保护与利用涉及农、林、牧、水、环保、文化和旅游、科技、教育等部门，需要政府的大力协调。此外，保护农业文化遗产，仅仅依靠各种组织、规范远远不够，要想让文化迸发出生机，需要每一位村民的积极参与，各地不仅需要加大对农业文化遗产宣传力度，让其有更大、更广的群众基础，为农业文化遗产保护营造良好的社会氛围。还需要地方政府组织相关专家和文化学者，认真梳理整合相关的内容，组织编写出农业文化遗产相关的科普读物，在中小学开展劳动教育和研学旅行课程，让这些散发着浓厚土地芬芳的教材走进学生的心田，让农业文化遗产成为中小学生研学旅行的项目。
以产业发展促进合理利用。让农业文化遗产活起来，需要充分发挥其在农产品供给、生态保护、文化传承等方面的多种功能，提升其多元价值。近年来，我国以传承和创新农耕文化这一新的发展理念大力推动农业领域变革，切实转变农业发展方式，积极推进农业供给侧结构性改革，加快构建农业与二、三产业融合的产业体系。为此，一是要做强产业链。积极引导和支持新型经营主体参与特色资源开发，打造区域公共品牌，推动标准化生产，发展精深加工，通过这些现代化手段，推动农业文化遗产资源优势转化为产业优势。二是打好融合牌。农业文化遗产是发展乡村旅游的重要资源，要突出农味、文化味，提升服务水平，优化游客体验，带动食行宿游购娱等各环节增值。同时，在促进合理利用方面，深入挖掘重要农业文化遗产资源发展乡村文化旅游等业态，设计和推出具有特色的主题旅游线路、研学旅游产品和文创产品，丰富重要农业文化遗产活化利用形式。
