2003年以来，国家逐步加大对农业特别是粮食生产的投入，实行了粮食生产直接补贴、农资综合直补、良种补贴和农机具购置四类补贴。这些补贴政策，对于充分调动农民粮食的积极性、发展粮食生产发挥了较好的政策作用。但是，在几年的实践中，粮食补贴政策也显露出一些需要重视的问题：
一、粮食直补和综合直补的政策效应日渐弱化。不断上涨的工农业生产资料价格，已经抵消了农民得到的国家粮食直补和综合直补，农民的种粮积极性呈现逐年下降的趋势。
二、粮食实际种植面积与计税补贴面积不符。粮食直补一直以计税面积作为补贴依据，不少地方的实际种粮面积大于补贴面积，多出的种粮耕地得不到补贴。如河南省安阳市种粮补贴面积470.71万亩，实际种粮面积超出补贴面积约40万～50万亩。主要原因：一是在土地承包时，有打折计算的土地；二是村组集体耕地，在确定农业税计税面积时未计入；三是因土地整理、复耕土地形成新的可耕地。
三、按地亩补贴缺乏粮食补贴的针对性。按计税面积进行补贴是一种简便易行的补贴方式，但是难以细分种粮耕地与非种粮耕地，致使一些地区产生了非种粮耕地也同样得到了种粮补贴的问题，影响了真正种粮农民的积极性。
四、良种补贴存在着明显的问题。国家的良种补贴方法是农民必须到指定的供种企业购买良种才能获得补贴。这种补贴方法存在明显的问题：一是有悖于《种子法》第三十九条“种子使用者有权按照自己的意愿购买种子，任何单位和个人不得非法干预”的规定；二是由于国家良种补贴的现价低，种子企业为了自身利益宁可放弃利润较低的新良种，却选择数量多、价格便宜的品种作为补贴用良种，不利于新良种的推广；三是种子企业竞标带有很大的盲目性，一些种子企业是先竞标到手再组织筹措良种种子，致使出现良种种子不够时以粮代种的现象，严重损害了种粮农民的利益。
五、农机购置补贴力度小、补贴机具面窄。目前农机购置补贴资金与农民购买热情仍存在着一定差距，补贴资金数量远远不能满足农民的购机需求。同时，随着机具价格和柴油价格的上涨，农民的种粮成本不断加大，收益降低，并且补贴折机具种类不全，如17～40马力的小型农用拖拉机、小型玉米收获机、蔬菜大棚卷帘机等，都不在补贴目录中。
为此建议：
一、调整粮食直补方式，使种粮农民多受益。应在以计税面积为补贴依据的基础上，测算各地区实际种植面积与计税面积的比例系数，利用测算系数对直补数量进行微调。应鼓励粮食生产规模经营以及粮食生产专业合作社的发展，对粮食连片生产的农户和专业合作社成员适当提高补贴标准。应加强补贴资金的监督，使补贴资金真正补到种粮农民手中。
二、加大补贴力度，提高农民种粮积极性。为使补贴能够尽可能弥补农业生产资料价格上涨的因素，应根据粮食价格和生产成本之间的比例关系，对粮食直补和综合直补进行调整，确保粮食生产的比较效益稳定在较高的水平，激发农民生产粮食的积极性。
三、提高良种补贴标准，完善补贴发放方式。应提高补贴标准，按照农户根据种植规范要求每亩实际用种量进行全额补贴。应改招标模式为直接将补贴款发放给农民，划定项目实施区域，按补贴标准直接将补贴款打到农民良种补贴“一卡通”上。应对供种企业采用“准入”资格制，即由省级农业主管部门制定要求和标准，将面积落实到各县（市），由各地推荐符合标准的供种企业，再由省农业主管部门审核，确定入选企业具有品种开发权、已通过国家和省级审定的品种均可作为良种补贴品种。农民可根据需要自主购买良种。
四、增加农机补贴资金总量，提高补贴比例。应充分考虑农机具和燃油涨价等因素，将农机购置补贴率由30％提高到40％以上，并根据农民的需求和农业结构调整的要求，增加农机具的补贴种类。
