耕地保护战略是我国的基本国策之一，党中央、国务院历来十分重视耕地保护工作。经过二十多年的实践与探索，我国形成了一套以政府为主导的耕地保护制度。中央与地方之间在土地利用收益与土地管理目标方面类似委托———代理的关系。中央政府通过委托的方式把土地管理权限和耕地保护责任下放到省级地方政府，省级政府又通过委托的方式下放到市级政府，最后下放至县、乡各级。这样，由上而下的分级委托代理即形成了一条长长的耕地保护委托———代理链，通过这种委托———代理关系，各级地方政府承担起保护耕地的责任，即：从实现公共利益和社会福利的原则出发，保护好耕地资源的数量和质量，促进社会经济的稳定、快速发展。但是由于部分人的注重局部或区域利益的倾向，造成耕地保护行为偏离公共利益目标的一些现象出现。
如何防范这种情况的出现？如何改变这种状况？笔者认为在采用行政措施保护耕地之外，必须建立相应的经济机制激励地方政府保护耕地的积极性。
首先，建立耕地保护的经济补偿机制，提高地方政府耕地保护的积极性。众所周知，招商引资以及一些基础建设项目的落地都需要土地加以支撑，这在某种程度上是与保护耕地相矛盾的，一定程度上也影响各级政府的收益。由此可见，调整耕地保护和土地利用利益分配，是解决耕地保护问题的必然选择。一方面可通过调整各级政府之间土地收益分配的方式，实行财政转移支付重点补偿耕地保护重点地区；另一方面，可加大土地取得和保有环节收入的税收调节力度，提高占用耕地成本，促进节约集约用地。
其次，完善政绩考核体系，强化耕地保护目标考核。某些政府以GDP论成败的观念还没有得到根本扭转，对国土资源保护与保障发展矛盾的长期性认识不足，强调眼前，忽视长远；强调保障，弱化保护。我国目前对地方政府官员的考评指标主要是国民生产总值、固定资产投资等经济指标，而且在当前的税收体制下，地方税收收入多来自于生产领域。在不科学的干部考核制度和财政管理制度缺陷的双重刺激下，以浪费土地等资源为代价追求地方经济快速增长的现象成为普遍现象。我国耕地流失的周期性与政府换届的周期具有一定的同步性，这表明干部考核制度对耕地保护具有明显影响。因此，应改革对地方政府及其官员的考核指标体系，非常有必要在经济社会发展综合考核和干部实绩考核工作中，进一步强化国土资源利用与管理的考核，促进地方政府积极保护耕地，引导资源利用与经济社会协调发展。
再其次，建立耕地保护基金，促进农民保护耕地。我国农村土地属于集体所有，由农民承包经营，但在农用地转为建设用地的过程中，农户和集体要么没有发言权，失去产权主体地位，要么对农地农用的低收益失去兴趣，主动放弃耕地而获得补偿。因此，促进农民和集体（耕地的经营使用者）积极保护耕地将是对大量占地行为的有效制约。建议从城乡经济社会统筹发展的高度出发，建立以设立耕地保护基金为主要内容的耕地保护经济补偿和契约式管理机制。耕地保护基金可由各地市级政府设立，以保护耕地为主要目的，从土地出让收入中筹集资金，主要用于耕地流转担保、农业保险补贴、承担耕地保护责任农户养老保险补贴和承担耕地保护责任集体经济组织现金补贴的专项基金。其主要目的：一是通过建立耕地保护补偿机制，提高农户和农村集体经济组织保护耕地的积极性和主动性，切实落实耕地特别是基本农田保护目标；二是统筹城乡收益分配，通过财政转移支付，加快建立农民养老保险体系，切实增加农民收入。
