农民体育健身工程在全国启动已经５年，可喜的成绩背后，这项惠及９亿农民的工程也还存在一些问题，如建设项目单一、使用效率不高、缺乏有效管理等。由于基础薄弱、历史欠账过多，农民缺乏健身知识等原因，构建具有中国特色的全民健身体系，重点在农村，难点也在农村。
国家体育总局２００６年宣布在全国范围内正式启动农民体育健身工程：以行政村为主要实施对象，以经济、实用的小型公共体育健身场地设施建设为重点，把场地建到农民身边，同时推动农村体育组织建设、体育活动站（点）建设，广泛开展农村体育活动，构建农村体育服务体系。体育场地建设的基本标准是一块混凝土标准篮球场，配备一副标准篮球架和两张室外乒乓球台。目前，北京、江苏、广东等部分省市已经提前完成了目标，其他一些省（区、市）正在抓紧实施。
农民体育健身工程的实施，丰富了农民的业余文化生活，对农民体质的提高起到了一定的促进作用，悄然改变着农民的生活方式。但是，不少地区在实施农民体育健身工程中，体育设施数量增多质量不高、只重"建"不重"管"，只局限实施工程建设而忽视组织和服务体系建设。
鞍山师范学院刘志敏等专家此前在山东、河北、内蒙古、江西、陕西等１０个省（区、市）的３３个地级市，８５个县（旗、州），通过访谈、调查问卷等形式对农民体育健身工程进行调查分析发现，目前实施农民体育健身工程的经费来源主要包括国家投资、省市自治区投资、地方投资三大块。其中以地方财政投资为主，虽然也有社会团体、企事业单位、个人进行捐赠和赞助，但比例不高，这样致使经济相对落后的省市和地区在实施农民体育健身工程中难度较大，质量不高。
在安徽部分地区农民体育健身工程实施村采访时，一些县级体育部门的负责人向新华社记者反映，青壮年农民如今绝大多数在外务工，留在农村的主要是老年人和儿童，"一场二台"模式虽然在一定程度上解决了部分农民的业余爱好，但由于篮球、乒乓球带有一定技术含量，一般需要２人以上才能操练，并不适合在老年农民中大范围开展，因此具有较大局限性，实际使用的效率偏低；当前农民体育开展过程中的问题还表现在普遍缺乏有效的体育健身指导。近几年各地都加大了对社会体育指导员的培养数量和质量，但多数社会体育指导员都集中在城区，真正能在人口基数庞大的农村发挥作用的很少；目前实施的农民体育健身工程的体育器材管理也比较模糊，有不少乡村的农民体育健身工程体育器材甚至无人进行管理和维护。
农民体育健身工程要"建"起来更要重在让农民群众"动"起来。基层体育部门的同志建议，要加紧培养和建立以社会体育指导员为主体的农村体育骨干队伍，发挥其在开展农村体育活动的组织、带动和指导作用，早日达到每一个行政村都能至少配备一名体育健身指导员的目标。另外也可通过引导农民朋友在体育健身活动中互助协作，互教互学，推动农民体育健身活动的广泛开展。
在实施农民体育健身工程过程中，要根据农民群众居住分散，作息时间各不相同的实际情况，把农村体育活动与生产劳动、文化活动结合起来，每年举办一些诸如篮球、武术、舞龙舞狮、龙舟、拔河、棋类、荡秋千、扭秧歌等农民群众喜闻乐见、容易参加的特色体育比赛和表演活动，从而激发农民参与体育锻炼的热情，扩大农村体育人口，更好地推进农村体育事业的发展。
