近年来，品种多乱杂、未审先推问题仍较严重，虚假广告、套牌侵权等违法行为十分突出，这些问题的存在与农业部门行政许可把关不严、监管不到位、执法不力有很大关系。但是由于市场准入把关不严，导致大量小规模企业进入种子市场，降低了企业的实力和市场的集中度，阻碍了育繁推一体化企业的做大做强。由于品种审定标准低，命名不规范，造成品种多乱杂，不仅损害了农民利益，还给套牌行为创造了有利条件。
准入门槛低，技术标准低，一方面导致目前种业市场多数企业还停留在简单的买进卖出的初级阶段，与现代农业要求的“育繁推”一体化的要求甚远，总体呈现出规模偏小、实力弱，产业开发后劲严重不足，抵御市场风险的能力不强的现状。另一方面导致国内种业市场侵权、套牌、仿制现象严重，混乱的市场环境,不公平的市场竞争已经严重束缚了一些大企业的发展。比如，十几年前吉林省一般一个县只有一两个种子公司，可目前全省有资质的,注册资金500万元以上的就有几家,3000万元以上的二三十家,一些小公司更多，甚至原来有些搞农药的、收废品的行外人,只要有钱都可以成立种子公司参与竞争。
种业发展的主体是种子企业，但目前我国的种子企业多小散弱，持证企业达8700多家，70%的种子企业注册资本在500万元以下，99%的种子企业没有品种研发能力，30%的种子企业有套牌侵权的违法行为。8700家种子企业中60%是市级或县级发证企业。有些地方注册资本30万元就可拿到非杂交作物的经营许可证，200万元就可拿到杂交作物的经营许可证。相比之下，美国约有1100多家种子公司,前20家种子公司几乎垄断了全美70%的市场,而我国种业前10强2006年销售额仅48亿元,仅占当年全国种业销售额的12.6%。这种过低的准入门槛不仅给市场监管带来压力，而且也造成假劣种子、套牌侵权行为案件不断发生。因此要想净化种子市场，维护农民利益，必须正本清源，从提高种业准入门槛上着手，进一步提高种子生产、经营准入条件，严格许可审批程序，规范对企业的事后监管，为企业、特别是大企业创造良好的发展空间。
