一、动态变化原则。结构调整要随着市场的变化而变化，不断地调整和完善，始终处于动态之中。例如前几年银鲫在市场适销，养殖面积扩大，近年来，养殖产量提高，市场售价下降，养殖效益降低，应适当缩小养殖比例。以后，如市场销售好，可在提高品质的情况下，适当增大养殖比例。养殖结构的调整还要看总体规模、市场需求及市场价格，有时一种养殖模式可以连续几年取得效益，有时一种养殖模式实施一年就要重新调整。
二、适度规模原则。某个品种的养殖规模要根据市场容量来确定。市场容量在某一时间段是较为固定的，产品供应量越大，价格就越低，反之价格则越高。人们长期形成的消费习惯，决定了价格即使再低，市场产品需求量也不会无限增加。因此，在调整养殖结构时，不能将同一品种的养殖规模搞得过大。
三、效益优先原则。预测未来几年的市场状况及模式本身的单产容量，选择效益较高的品种、模式养殖。例如，网箱养殖黄鳝的效益一般大于稻田养殖，应优先用网箱养殖黄鳝。甲鱼仿生态养殖，产品质量优，市场售价高，效益成本比大于工厂化养鳖及鱼鳖混养。生产上应优先进行甲鱼仿生态养殖。也可适当养殖大规格甲鱼。
四、量力而行原则。根据技术掌握情况、资金投入实力、饲料来源等情况确定调整目标。对于技术不熟悉的新品种、养殖投入较大的品种及革胡子鲶、牛蛙、黄鳝等对饲料要求较高的品种，应先小规模养殖，待取得成功经验后再扩大规模。
五、因地制宜原则。根据养殖条件确定养殖品种和模式。例如对水质较差、水源缺乏的塘口，慎重发展水质要求较高的品种；如土质为黏土，池底淤积较深，不太适合养蟹，应对池塘进行改造或换茬轮作，栽种水生植物改良底质，或选择其他适宜品种养殖。
