2002年10月，原国家经贸委发布了2003年化肥关税配额进口总量、分配原则和申请程序。2003年10月至2006年10月，商务部分别发布了2004年、2005年、2006年、2007年化肥关税配额进口总量、分配原则和申请程序。实行关税配额管理的化肥品种为：尿素、磷酸二铵和复合肥。关税配额内税率为4％，关税配额外税率为50%。
2004年3月，《财政部、国家税务总局关于暂停尿素出口退税的紧急通知》要求，自2004年3月16日至2005年3月15日，对尿素产品一律暂停增值税出口退税；在此期间凡出口上述产品应按规定征收增值税。
2004年4月，《财政部、国家税务总局关于暂停磷酸氢二铵出口退税的紧急通知》要求，自2004年4月2日至2005年4月1日，对磷酸氢二铵产品暂停增值税出口退税；在此期间凡出口上述产品应按规定征收增值税。
商务部2004年4月16日颁布、6月1日开始实施的《外商投资商业领域管理办法》中规定，从事零售的外商投资商业企业，2004年12月11日前不得经营农药、农膜和成品油，2006年12月11日前不得经营化肥。《办法》还规定，同一外国投资者在境内累计开设店铺超过30家以上的，如经营商品包括农药、农膜、化肥（在限期以外）等商品，且上述商品属于不同品牌、来自不同供应商的，外国投资者的出资比例不得超过49%。
2004年11月，《财政部、国家税务总局关于继续停止化肥出口退税的紧急通知》要求，2005年继续对尿素、磷酸氢二铵等主要化肥产品暂停出口退税。《财政部国家税务总局关于暂停尿素出口退税的紧急通知》第1条和《财政部、国家税务总局关于暂停磷酸氢二铵出口退税的紧急通知》第1条规定继续执行到2005年12月31日。
2005年3月，《财政部、国家税务总局、国家发改委关于暂停尿素和磷酸氢二铵出口退税的补充通知》对《财政部、国家税务总局关于继续停止化肥出口退税的紧急通知》中的有关问题做出补充通知。自2005年4月1日起，尿素产品和磷酸氢二铵产品，不论出口合同是否备案，一律暂停出口退税。
2006年1月9日，商务部颁布《外商投资商业领域管理办法》补充规定，规定自颁布之日起施行。补充规定中对香港、澳门服务提供者在内地累计开设店铺超过30家的，如经营商品包括农药、农膜、化肥等商品，且上述商品属于不同品牌、来自不同供应商的，允许香港、澳门服务提供者控股，出资比例不得超过51%。
2006年10月，《国务院关税税则委员会关于调整部分商品进出口暂定税率的通知》从11月1日起，对肥料用硝酸钾、重过磷酸钙等16项化肥类产品实施1%的进口暂定税率，尿素等3项化肥类产品的关税配额税率暂定为1%。
