随着首府城乡一体化进程的加快，工业生活用水挤占农业灌溉用水空间，水体沿线生活垃圾、工业垃圾、建筑垃圾随意倾倒现象不同程度地存在，水质有机污染造成土壤及下游地下水污染，农业灌溉被迫使用污水。
对此，在自治区政协十届三次会议上，自治区政协委员、九三学社新疆区委会陈昌明建议，乌市有关部门采取措施，对目前水系沿线污染现状开展全面调查，尽快查清污染源情况、地下水污染现状及其变化趋势，进行地下水环境脆弱性评价，为制定和实施污染防治规划提供可靠依据，以有效防止水体沿线有机污染情况进一步恶化。
陈昌明说，污水灌溉在干旱少雨时节确实能解燃眉之急，而且利用其水肥资源，会收到增产、增收的效果。但如长期使用污水灌溉，农产品、蔬菜毒物富集，影响家禽畜牧正常发育，危害人们身体健康。部分受污染特别严重的污灌区，农民普遍反映饮用水口感差、有异味，并开始出现肠道、呼吸道、皮肤等疾病。迫于无奈，乡村加大对深层地下水的开采，以避免使用受污染的浅层地下水，但是由于水位下降而现有机井老化且数量不足，出水量越来越少，如遇持续干旱，用水矛盾加剧，菜农之间相互抢水，影响蔬菜供应，造成管理困难。
陈昌明建议，应当增加水系沿线特别是受污染严重片区支农资金，用于新打机井或改造更新现有机井，引进节水性农业基础设施；引导农民实施节水灌溉，合理开发利用地下水资源。建议乌鲁木齐市科技局提供技术支持，帮助完成测土配方，为改良土壤、实现因地制宜做好配套服务。
加强水系沿线巡护，对随意倾倒的单位和个人进行处罚。通过严厉处罚超标排放等行政手段，鼓励工矿企业节约用水，减少污水排放量。对周边生活垃圾设置统一收集点，安排专人负责进行管理，做到及时拉运清理。
同时，实施绿化美化工程，在水系重点污水排放渠道及其两侧，建立人工湿地，种植可吸附有毒有害物质的速生杨等植物，阻断污染物渗入地下水。建立重点水系沿线地下水动态监测与分析预测服务系统，做好水质监测工作，准确掌握评价地下水开发利用情况，根据情况随时调整适合的治理保护措施。
