印度尼西亚海岸线长度位居世界第二，然而该国对内陆淡水养殖有明显偏爱，印度尼西亚水产总产量几乎全部靠淡水养殖支撑，事实上该国淡水养殖的迅速发展已经对全国各地人们的生活造成了破坏性的影响，成了亟待解决的问题。
据联合国粮食与农业组织数据：2007年印度尼西亚淡水产品产量是74.1万吨，然而海产品产量仅仅7262吨，都不到淡水产品的1%。与之对比的是日本，海岸线长度只有印尼海岸线的一半，海产品年产量为26.1万吨，比印尼海产品年产量多出35倍。
印尼全国共有520多个天然湖泊和200多个堰水库，这为淡水鱼养殖提供了充足的资源。然而，目前水产养殖鱼病越发严重，特别是浮式网箱养殖模式，经常可见大量死鱼，西苏门答腊的Maninjau湖和西爪哇的Saguling、Cirata a和atiluhur三个水库已经被死鱼严重污染。据一个报道称，今年三月份Maninjau湖死鱼达100吨，造成1亿卢比（11.2万美元）经济损失。据悉，这种大量死鱼事件每年都会发生，有时一年甚至发生两次。
业内分析，这种死鱼事件主要是因为盲目扩大养殖密度造成的，水体都有有限的体积，不能容纳和循环利用进入其中的过多的物质（死亡机体的碎屑等），大量有机物沉积在湖底，在风力和水体循环影响下，这些有机物转化的中间产物（有毒气体）将释放出来毒害养殖鱼类，而且这些物质转化过程中大量耗氧也将影响鱼类生长。浮式网箱中的大量死鱼碎屑造成整个湖水污染，对水产养殖来说更是致命的伤害。
目前印尼淡水鱼类养殖得到充分发展，已经不单单是湖泊周边养鱼，而是已经向湖中心深入。在淡水鱼养殖区当地居民那里可以了解到，本地人是很少吃养殖鱼类的，像罗非鱼和鲤鱼，他们喜欢吃没有经过人类养殖的野生鱼，而养殖鱼类都是销往其他省份。
水产养殖对湖泊的污染意味着这个产业只会为当地居民带来短期的经济效益。如果这种状况不能得到及时处理，当地淡水养殖的天然优势（众多优良湖泊）将不复存在，带来的将是更多、更频繁的死鱼事件，更严重者将会影响到当地居民的饮用水安全问题。
事实上，投资者为获得更好效益，只能尽最大可能的利用湖泊，而印尼的淡水鱼养殖产业也正是这样发展起来的。
有研究人员称，2005年第一次到巴厘岛Batur湖时，那里还没有发展水产养殖业，但是如今，这个湖的淡水鱼年产量已经有30吨了。毫无疑问，湖泊是发展淡水鱼养殖的好地方，但是养殖规模确实需要合理安排。
印尼所有的湖泊水库面积有5000平方公里，只是可利用的沿海水域面积的1.25%。如果投资者对水产养殖仍充满热情的话，他们最好尝试海水养殖，这将是更为广阔的商机。湖泊终有底，而海洋是无穷尽的。
当然，从事任何一项投资都是有风险的，在湖泊和海洋中进行水产养殖也都具有风险，但是将水产养殖一部分投资分流到海水中，至少可以帮助保护印尼的淡水资源。对淡水湖的投资利用也应该转变，部分养殖户要转到其他行业中赚钱，如旅游业等。减少淡水养殖后也不用再担心当地食品中蛋白质的安全问题，因为传统的养殖基本上是达标的。
将养殖重点向海洋转移，湖水污染会减少，湖泊周围的地区甚至全国都可以饮用和食用安全洁净的湖水，环境的改善也会证明投资海洋养殖是更好的选择。
