微生物菌肥有效提高土壤肥力，改善土壤结构
盐碱地的共性是有机质含量低，土壤理化性状差，对作物生长有害的阴、阳离子多，土壤肥力低，作物不易促苗。
施用菌肥能提高土壤肥力，改善土壤结构，减少毛细管水运动的速度和水分的无效蒸发，有明显的抑制返盐效果。施用菌肥后还能增加土壤有效钙的含量，同时微生物分解有机质产生的有机酸也能使土壤吸附的钙活化，加强了对土壤吸附性钠的置换作用，导致脱盐脱碱。在菌肥的作用下，盐碱地的有害离子含量和pH值明显降低，土壤缓冲性能增加，提高了作物的耐盐碱性。
盐碱地不易发苗，施肥总的原则是增施菌肥，适当控制化肥施用。基肥要多施有机质含量高的有机肥，减少化肥施用量，而化肥尽量不靠近种子，以免增加土壤溶液浓度，影响发芽。追肥根据情况，及时施入，避免过量。在有条件的地方，可以大量采用秸秆还田，种植耐盐碱的绿肥等办法，减少盐碱对作物的危害。
