无土育苗的灌溉方法是与施肥相结合的，机械化育苗可采用双臂行走式喷水车，每个喷水管道臂长5米，安排在育苗温室中间，用轨道移动喷灌车，可自动来回喷水和喷营养液。
作物不同，对营养液中含有的化学元素要求也不同。试验证明，叶菜类最佳育苗配方(毫克/千克)为：氮140～200，磷70～120，钾140～180；茄果类育苗的最佳配方(毫克/千克)为：前期，氮140～200，磷90～100，钾200～270；后期，氮150～200，磷50～70，钾160～200。使用复合肥，当幼苗子叶长出后，以浓度为0.1％的氮磷钾复合肥(15-15-15)进行叶面喷肥，到1片真叶以后改为0.2％～0.3％浓度喷肥，幼苗生长良好。
育苗期的灌溉还因季节而不同，夏天气温高，每天喷水2～3次，每隔1天喷肥1次，冬季气温低，2～3天喷1次，可以采取1次喷水，1次喷肥的方法，效果较好。
此外，据北京市海淀区试验，可改进基质配方进行育苗，主要是在基质中掺入适量复合肥作为底肥，喷灌清水来育苗，相对省工省力，并有利于出苗及壮苗。
