依靠大自然的力量、充分发挥生态系统的自我修复能力，是实施生态修复工程的基本指导思想，体现这一指导思想的具体行动就是封山禁牧、退耕还林还草，关键是一个“封”字。而要真正做到“封得住、有效果。不反复”，还需要因地制宜、因时施策。主要四种基本做法：
一是“以改促封”。改耗竭性资源利用方式为持续性资源利用方式。
二是“以调促封”。通过结构调整，使封禁治理与农业增产、农民增收和农村发展有机结合，促进封禁治理的实施。旅游业紧密结合，大力调整农村产业结构；另一方面，把农作物用地变为经济林用地，发展杨梅、批把、龙眼等亚热带特色林果业，通过调整种植业结构，以良好的经济效益促进封禁治理。
三是“以建促封”。通过基本农田建设、农村能源建设，解决人们的吃饭和烧柴问题，确保“封得住”。通过改灶节柴，以电、煤、沼气替代烧柴，解决生产和生活用能问题，缓解了封禁与烧柴的矛盾，使封禁治理得到落实。
四是“以移促封”。对生态环境恶劣、居民分散的边远山区，通过移民并村，结合小城镇建设和扶贫项目，实行集中安置。许多试点县的领导反映，在生态极为脆弱的地区，这是最有效、最有必要的做法，但目前由于资金和就业问题的困扰，实施难度较大。
