滴灌系统堵塞是运行中经常发生的问题，堵塞的原因主要有三方面：
1. 悬浮固体物堵塞 采用的水源水质差，很浑浊，如江河、湖泊水中，常含有粘土微粒及有机物所引起滴头堵塞。
2. 化学沉淀物堵塞 由于水流温度、流速、酸碱度（pH值）等的变化，常引起一些不易溶于水的化合物沉积在管道和滴头中，按其化学成分来分，主要有铁化合物沉淀（由铁管锈蚀引起）、碳酸钙沉淀和磷酸盐沉淀等。
3. 有机物堵塞 胶体形态的有机质、微生物的孢子和单细胞，一般不容易被过滤器排除，在适当的温度、含气量以及流速减少情况下，常在滴灌系统内团聚和繁殖，引起堵塞。
滴灌系统堵塞的处理方法：
1. 酸液冲洗法 对于碳酸钙沉淀，可用36%的盐酸加入水中，约占水容积的0.5—2%，用1米水柱高的压力输入滴灌系统，滞留5—15分钟。当被钙质粘土堵塞时，可用硝酸稀释液冲洗；除去铁的沉淀需用稀硫酸。如滴头已被堵死，此法不适用。另外，此法对清除有机物引起的堵塞，作用也不大。
2. 压力疏通法 用5—10大气压力的压缩空气或压力水冲洗滴灌系统，对疏通有机物堵塞效果很好。清除前，先将管道系统充满水，然后与空气压缩机连通，启动空气压缩机，当所有水被排出后半分钟，即关闭空气压缩机。应当注意，有时会使滴头流量超过额定值；或因压力太高，会将结构较薄弱的滴头压裂。此法，对碳酸盐堵塞无效。这种方法，最适宜在温室、大棚内的滴灌系统使用。
在滴灌系统运行中，更重要的是加强技术管理，切实采取预防措施：
1. 维护好过滤设备，定期检查清洗；
2. 建造沉淀池，预先处理灌溉水；
3. 定期测定滴头流量和灌溉水的铁、钙、镁、钠、氯的离子浓度以及酸碱度（pH值）和碳酸盐含量等，及早采取措施防堵；
4. 防止藻类滋生，毛管应采用黑色不透光的聚乙烯软管。
