选用肥料关——质量低下、杂菌含量高或过期的产品不能施用。应选择有可靠技术背景和技术来源、质量性能稳定的菌肥。
减少微生物死亡关——菌肥要避免阳光直射，拌种时应在阴凉处操作，拌种后要及时播种，并立即覆土。对于不同产品其微生物菌种的活性差异较大。另外，菌肥还应避免与有害农药、化肥混合施用。
土壤环境关——土壤过分干燥时，应及时灌浇，大雨后要及时排除田间积水，应改良土壤，合理耕作，提高土壤的通透性。应有针对性地补施微生物必需的矿质营养。
量体裁衣选择菌肥关——有些菌肥只含有根瘤菌，那就只可在豆科作物上应用，有的菌肥只含钾细菌（硅酸盐菌肥），对缺钾土壤和作物效果较好，但对氮、磷贡献就太小了。而有些较好的菌肥还具有解磷、解钾和固氮等多重作用，可以在各种作物上应用，增产增收效果明显。
