随着奶牛冷冻精液技术的推广与普及、对种公牛的质量要求则越来越高，种公牛的选择愈益严格，种公牛对改良和提高整个牛群的重要性显得更为突出。
种公牛是影响牛群遗传品质的主要因素，是牛群遗传改良的主要动力。一头优秀母牛，自然繁殖一生难以超过10头犊牛。但是，通过人工授精一头公牛1年可以配种2万头以上的母牛。在欧美等奶业发达国家，公牛从犊牛开始留种，只有大约5％左右的公牛最终能通过后裔测定，投入使用，可以说是“百里挑一”。这些优秀的公牛极大地推动了奶牛群的改良，是发达国家奶牛生产性能高的一个重要原因。在我国，也应当开展公牛后裔测定，提高公牛的选择强度，大力推广优秀公牛的冷冻精液，这是改良我国牛群的经济、快速而有效的方法。
在奶牛育种中，人工授精公牛每年可以承担1万头以上母牛的配种，优秀种公牛的遗传优势可以得到最大限度的发挥，奶牛群体的生产水平在很大程度上取决于公牛的遗传水平，种公牛对奶牛群遗传改良的贡献，可以达到总遗传进展的75％～95％，因而优秀种公牛的选择在奶牛育种中占有十分重要的地位。
对奶用种公牛的选择，可分为三个阶段：
（1）在性成熟之前，即犊牛阶段，一般是采用系谱指数并结合公犊牛本身的生长发育情况进行选择。根据祖代资料，预测公犊牛产奶等性能是选择公牛最通用的方法。
据估计，影响遗传进展的4个因素中，公牛的父亲约占39％，母亲占32％；母牛的父亲占26％，母亲仅占3％。说明公犊牛的父母对遗传进展影响较大，可达71％。因此对公犊牛的选择，首先是选择公犊牛的父母。
选择种公犊时，必须选最优秀的公母牛的后代。对公牛母亲的要求为：一胎305天产奶量7500公斤以上，二胎以上产量高于8000公斤，乳脂率在3.3％以上，外貌评分80分以上；乳房结构、肢蹄和胸腹容积无明显的缺陷，相对复合育种值在102％以上。对公牛父亲的要求：公牛女儿头胎305天产奶量8000公斤以上，乳脂率3.5％以上，乳蛋白率3.0％以上；主要功能性外貌性状，如乳房结构和质地、肢蹄等，育种值不可为负值，并要有明显的改良作用，外貌总评分80分以上，公牛的终身效益指数排名在50名以内。
（2）当小牛长到1岁以上，就可以参考本身表现来选择（个体成绩选择），直接测量其某些经济性状。本身选择就是根据种牛个体本身和一种或若干种性状的表型值判断其种用价值，从而确定个体是否选留，该方法又称性能测定和成绩测验。具体做法是：可以在环境一致并有准确记录的条件下，与所有牛群的其它个体进行比较，或与所在牛群的平均水平比较。有时也可以与鉴定标准比较。
种公牛的体型外貌主要看其体型大小，全身结构是否匀称，外型和毛色是否符合品种要求，雄性特征是否明显，有无明显的外貌缺陷。如公牛母相，四肢不够强壮结实，肢势不正，背线不平，颈线薄，胸狭腹垂，肩斜民等。生殖器官发育不良好，睾丸大小不正常，无弹性。凡是体型外貌有明显缺陷的，或生殖器官畸形的均不做种用。种公牛的综合评分不得低于一级。
除外貌外，还要测量种公牛的体尺和体重，按照品种标准分别评出等级。另外，还需要检查其精液质量。
（3）在性成熟以后，即青年公牛阶段，根据公牛女儿的生产性能及外貌进行后裔测定。由于产奶性状的特点受性别限制，需要通过测定被选公牛的女儿的产奶性能等进行鉴定，即后裔测定，因此对公牛的选择需要的时间较长，往往5～6年。为了节约选择费用，有许多国家在公牛12月龄时，就采集精液保存，每头公牛保存1万～4万头份后，即将公牛淘汰。如后裔测定证明为优秀公牛，则利用这些公牛的精液，否则将全部精液废弃不用。而我国国内培育的优秀青年公牛，主要是从国外引进优秀种（冻精、胚胎）培育，青年公牛一般在未经验证前就被用于育种群和生产群，同时部分公牛进行后裔测定。
