獭兔的疾病很多，但对其影响较大的疾病主要是病毒性出血症、传染性鼻炎、球虫病、疥癣病、皮肤霉菌病和肠炎。
一、病毒性出血症
俗称兔瘟，是由病毒引起的一种急性、热性、败血性传染病。具有传染性强、发病急、死亡高等特点，常呈暴发流行，对养兔业有巨大的威胁。该病一年四季都可发生，以春、秋和冬季发生更为严重；不同年龄表现不一，哺乳期的仔兔未见发病，幼兔2月龄以后逐渐增加对本病的易感性，青年兔和成年兔易感性最高。
防治：目前没有很好的办法治疗，最理想的办法是免疫注射。仔兔断乳后第35～40天开始，颈部耳后皮下注射兔瘟疫苗1毫升，60日龄时加强免疫一次，免疫期4～6个月。其他獭兔每年免疫3次即可。
二、传染性鼻炎
传染性鼻炎是由巴氏杆菌、波氏杆菌等多种病原菌所致的兔子的一种以闭眼为特征的慢性传染病。本病一年四季均可发生，所有家兔均易感，而幼兔的易感性最高；室内养兔发病率高于室外，尤其是有害气体增多的兔舍传染性鼻炎易发。
防治：有条件的地方，要净化兔群，淘汰鼻炎阳性兔，并以0.3%～0.5%的煌绿溶液对全群滴鼻，20小时后表现鼻炎的兔为带菌兔，予以淘汰。据研究，传染性鼻炎的发生与环境条件有直接关系，特别是兔舍内有害气体的浓度高时，会诱发家兔患鼻炎。因此，尽力使兔舍通风透气，空气新鲜。在气候多变季节，定时投喂一些预防药物，如土霉素、磺胺类药物、环丙沙星等，也可定期投喂大蒜等药用植物，可用卡那霉素、青霉素+链霉素等滴鼻，均有较好效果。
三、球虫病
球虫病是由艾美尔属的多种球虫引起的、对幼兔危害最为严重的一种常见体内寄生虫病。各品种家兔都易感，以断乳至3月龄的幼兔发病率和死亡率最高，成年兔对此有耐受性，但不产生免疫力，并成为长期的带虫者和传染源。
预防：降低感染强度，母兔是球虫病的传染源，减少仔兔与母兔的接触机会，实行定时哺乳，对母兔笼经常清洗和消毒，对其粪便堆积发酵；仔兔哺乳前，洗擦母兔乳房，并涂抹2%的医用碘酊。
防治：较好的药物有氯苯胍、敌菌净、磺胺类药物、盐霉素等，按说明添加。河北农业大学山区研究所研制的“球净”，预防按饲料量的1%添加，连用15天停5天；治疗按饲料量的1.3%～1.5%添加，连用5天，有很好的效果。
四、疥癣病
疥癣病是由疥螨和痒螨引起的高度接触性传染的一种体外寄生虫病，又称“生癞”“石灰脚”“千爪病”等，对养兔业造成较大的威胁。
防治：定期检测，药物经常消毒。对兔群每年进行全面检查，发现可疑病兔及时隔离和采取措施。不从患有疥癣病的兔场引种，种兔引进后观察3周，确实无病后方可混群。兔舍应经常消毒，保持环境干燥、空气流通和阳光充足。
理想的治疗药物和方法是：2%～2.5%的敌百虫酒精溶液涂擦患处；肌肉注射虫克星或灭虫丁，每千克体重0.2毫升，或口服虫克星粉剂，每千克体重0.2毫克。
五、皮肤霉菌病
该病由于须发癣菌和大小孢子霉菌引起的以脱毛、断毛和皮肤炎症为特征的传染性皮肤病。
防治：平时加强饲养管理，注意通风换气，保持兔体和环境卫生，经常进行空气消毒，发现患兔，及时隔离治疗或淘汰。大群发病时，内服灰黄霉素，每千克体重每日25毫克，连用两周；克霉唑药水或软膏，均匀涂擦患处，每天3～4次，直至痊愈；10%的水杨酸软膏或2%的福尔马林软膏或5%～10%的硫酸铜水溶液涂擦患处，每日2～3次，直至痊愈。
六、肠炎
肠炎是由多种病原菌引起的以消化道系统功能失调，排出稀便、黏液便或血便为特征的传染性疾病。对獭兔，特别是幼兔的危害很大。引起肠炎的病原菌很多，如大肠杆菌、沙门氏均、巴氏杆菌、魏氏梭菌、泰泽氏均、克雷伯氏菌、轮状病毒、球虫等。
治疗：可肌肉注射痢菌净、磺胺嘧啶钠等；饲料中添加鼻肛净，具有很好的防治效果。由于獭兔消化道的脆弱性，一旦出现肠炎，容易脱水和电解质不平衡及中毒等。要想达到理想的治疗效果，应在用药的同时，配合补液和解毒，如静脉注射葡萄糖、肌肉注射维生素C等。
