秸秆还田是处理秸秆问题的有效方法，但还田秸秆不能及时分解，这是阻碍这项技术推广的最大问题。究竟是什么在影响还田秸秆的分解呢？
首先在C/N上 C/N比大的秸秆施入农田后，土壤微生物进行分解活动时碳源充足，氮量不足，而微生物分解活动必须有碳、氮平衡条件，为此土壤微生物要从土壤中争夺氮素，呈现土壤氮的饥饿现象，影响作物和幼苗的生长发育。为克服这种现象，在还田时必须采取补氮措施，可加入金宝贝微生物菌剂，以调解碳氮平衡，促进分解。据报导，在秸秆还田时加入一定量的氨水，可减少硝酸盐的积累和氮的损失，此外还可加入一定量石灰氮，促进有机氮化物分解。
其次在秸秆处理方面 为保证翻压效果，将秸秆切碎至5~10cm长为宜。其原因是，第一细碎增加吸水与保水能力，有利于金宝贝对秸秆的分解；第二可增加与土壤的接触面积，有利于分解。相反，若直接翻压(不经切碎处理)，不仅托延了分解时间，还不利于土壤保墒，降低整地质量，影响出苗率。
再次水、温条件：秸秆翻埋入土壤中，进行矿质化和腐质化作用其快、慢速度主要决定于水分与温度。通常情况下，当温度在27℃左右，土壤水分含量占田间持水量55％～75％时，秸秆在金宝贝微生物的分解速度最快；当土温过低时，土壤含水量少于田间持水量20%时，分解几乎停止。
最后还田时期有讲究：秸秆还田要考虑合理的时期，一方面要避开毒害物质分解高峰期以减少对作物的危害，提高还田效果，一般水田常在播前40天还田为好，而在旱田应在播前30天为合适。另一方面还要考虑秸秆的含水量，还田时秸秆含水量应不少于35%，过干不易分解，影响还田效果。此外应掌握土壤的含水量，这是决定秸秆中碳释放和氮损失的一个重要环境因素。一般以占土壤全持水量的65%时翻压为好。这样金宝贝微生物发酵助剂可以发挥道最大限度，起到事半功倍的效果。
