近年来，迅猛发展的集约化养猪业，所产生的大量粪便不仅空气恶化，导致河湖严重的富营养化，而且危及地下水。控制养猪生产中的粪、尿、废水和恶臭对环境污染，保护生态环境即是养猪场自身发展的需要，也是环境保护的要求。处理粪、尿、污水的方法主要有以下几种。
1、 堆集发酵用作农家肥。采用粪便单独干收集、堆积发酵用作农家粪；尽量减少冲洗用水，废水、废渣用于制作沼气用作照明、供暖，沼水浇灌农作物。
收集干猪粪堆放在发酵塘内，上面撒一层生石灰，再盖上塑料膜或糊上一层泥巴，让其发酵1个月左右，作农家肥供种植果树、蔬菜。对防制猪的寄生虫病也有一定的好处。
2、制成精制有机肥。例如，可用金宝贝一型发酵助剂将粪便发酵成精制有机肥, 本产品主要由真菌、酵母菌、放线菌和细菌等多种有益微生物菌群复合而成，它们在发酵过程中互不拮抗，协同作战，依靠有机废弃物作营养源，利用在大量和快速繁殖过程中所形成强大的“生化反应”完成对有机废弃物的“脱臭”、“腐熟”、“杀虫”、“灭菌”处理过程，达到无害化、资源化处理废弃物的目的。
3、发酵做成饲料。在猪粪中加入一定比例的金宝贝二型饲料发酵助剂，再加入适量的秸秆、锯末等碳氮比高的物料发酵后即可做到饲料。金宝贝二型饲料发酵助剂是采用欧美日韩国际最新微生物工程技术成果，结合自有知识产权，经分离、筛选、诱变、提纯、复壮等一系列高科技手段而获得的高性能菌株，再与其他特效物质精工复配而成的一种干粉状活菌微生物制剂。
3、 废水处理。处理过程为固液分离－厌氧池－发酵－好氧池发酵—混凝沉淀—达标排放。
养猪场排出的废水中固体悬浮物含量很高，通过固液分离可使液体部分的污染物负荷量大大降低，防止后续处理设备的堵塞损坏。
养猪场排出的废水属高氮、磷和高有害微生物的“三高”废水。因此，厌氧发酵成为养猪业污染处理中不可缺少的关键技术，可有效去除大量的可溶性有机物，而且能杀死病原微生物。沼气发酵技术就是最好的厌氧发酵，已被广泛应用。 天然好氧发酵时利用天然的水体和土壤中的微生物来净化废水的方法。常用水体好氧发酵，通过好氧塘、兼性塘、厌气塘河养殖塘来处理废水，可达到二级处理标准。
另外，可采用北京华夏康源科技有限公司研发的金宝贝干撒式发酵床技术来养猪，再也不用冲洗猪舍，更没有污水要排放，可起到除臭环保、节能省粮、抗病促长、节水省工的作用，真正实现猪场无污染、零排放的效果。