掌握科学施用复合肥技术首先要摸清复合肥的性状，同时要了解农作物全生育期对外源营养供应的需求特征以及土壤的基本性状，包括土壤周年释放供应养分的数量强度和土壤保水保肥的能力等。这样说可能让农民朋友们感到太复杂，但实际生产中有经验的农户都是这样综合考虑的。
关于复合肥的特性，要从二次加工说起。以配成的复混肥料为例，它们是由不同单质肥料包括尿素、普钙、氯化钾等粉状原料，经过混匀并添加少量黏结剂造粒而成。其外形为颗粒状，营养成分包括氮、磷、钾，并有可能添加一种或几种中、微量元素。复混肥中养分的形态可以是全水溶性的，也可能有少部分不溶性或弱酸溶解的，例如硝酸磷肥就有弱酸溶性和水溶性两种。因此，复合肥料的主要特征可以归纳为以下几个方面：一、外观形状是有一定抗压强度的颗粒，施入土壤后可以逐步溶解释放养分；二、营养成分复杂，既含有氮、磷或钾又可能含有钙、镁、硫、铁、钼等微量元素；三、复混肥颗粒中的养分形态多样，例如氮素，既有可能是脲基态的，也可能是铵态或硝酸态的；磷可能是全水溶性的，也可能是部分水溶性的；钾可能是硫基也可能是氯基的。总之，由单质肥料经过二次加工的复混肥料，它们的成分和技术含量都有提高，因而成本增加，价格也相应提升。因此，复混肥在作物上正确施用需要综合考虑，只有把复合肥料性状与土壤、作物的性状对号入座，才能获得增产与增收的双赢。
在上述原则下，复合肥料的具体施用方法可归纳为以下几点：
1.复合肥料适宜作基肥。基肥的施用方法：在播种前耕地时将含有氮磷钾多种养分的颗粒复肥施入到一定深度的土壤中。施肥的深度因作物而异，粮食和蔬菜的施肥深度一般为20厘米，果树的施肥深度为30～40厘米。只有将复合肥料施入到一定深度才能供应作物中后期营养的需求。作基肥的复合肥施入作物生育期所需的全部磷和大部分钾。氮素由于性质太活泼，只能将其一部分通过复合肥施在基肥里，至少一半的氮素要以单质氮肥的形态在作物生长旺盛期作追肥施入。所以复合肥适宜做基肥用，而氮素比例不能太高。
任何一种复混肥料所含氮、磷和钾的养分比例固定，基肥施用量的计算是以磷或钾的含量为基准，而氮肥的一半需要放在中后期作追肥施用。
复合肥料一般不宜做追肥或水冲施肥。其中的磷肥，既使是全水溶态，施在土表也很少向下移动，作物根系难以利用。尽管广东的菜农朋友们习惯将进口的通用型 45%(15%-15%-15%)含量的复混肥用水溶化后浇灌叶菜有明显肥效，但是其养分利用率较低，不仅浪费肥料，成本也不合算，需要改进。
中低浓度的氮磷二元复合肥可作种肥施用，但要注意种与肥分开。有机—无机型复合肥可较大量地用做基肥。
复混肥料应与单质肥料配合施用。对于作物全生育期营养供应来说，在施用复混肥料作基肥的基础上，还要用一半单质氮肥或少量钾肥作追肥，以调节营养元素的比例，使之最终适合作物高产优质对营养的需要。
