随着抗虫棉在生产上的大面积推广应用，广大棉区棉花产量不断提高，广大棉农经济收入不断增加。由于抗虫棉的种植，能够减少农药的投入，省工省时，保护生态环境，非常受广大棉农的欢迎。但在实际生产中，发现部分棉农对抗虫棉的抗虫性，和对抗虫棉管理措施的特殊要求，缺乏全面正确了解，致使不能很好发挥抗虫棉的抗虫、高产的优势，影响经济效益，下面就抗虫棉在生产中存在的问题和预防对策加以总结，供参考。
一、播种期较晚。大部分棉农种植抗虫棉与普通棉一样，在5月20日前后浇完麦黄水播种。由于抗虫棉发芽慢，应当提前播种，一般于5月10-15日播种较为适宜。
二、施肥量不足。由于抗虫棉苗期生长缓慢，所以按种植常规棉的施肥量和施肥方法，不能达到壮苗早发的要求。种植抗虫棉一般基肥用量高于常规棉1-2成，并早施提苗肥，麦收后结合中耕灭茬，每亩施优质有机肥2000千克、尿素20千克、过磷酸钙40千克、硫酸钾15千克，现蕾至初花期每亩施尿素10千克、饼肥50千克。
三、种植密度较小。抗虫棉与普通棉相比结铃集中，成铃率高，但铃较小，所以种植密度应比常规棉稍大些，故以每亩6000-8000株，每株留果枝5-8个为宜。
四、病虫防治不当。据我们调查，一部分棉农认为只要种上抗虫棉，就一劳永逸，坐等收成，疏忽了病虫害的及时防治，错过了病虫害防治的关键时期，影响棉花产量；另一部分棉农见虫就治，不充分利用抗虫棉的抗性，成本增加，得不偿失。
事实上，目前生产上推广的抗虫棉都是转基因抗虫棉，主要抗鳞翅目害虫，如棉铃虫、玉米螟、造桥虫等，对非鳞翅目害虫和所有的病害均不产生任何作用，如红蜘蛛、棉蚜、棉盲蝽等，这些非鳞翅目害虫反而有增加的趋势，所以更应及时防治非鳞翅目害虫和加强对病害的防治。再者，抗虫棉对鳞翅目害虫（棉铃虫）的抗性，在苗期抗性良好，无需防治。三代棉铃虫以后棉铃虫发生期，抗虫棉的抗性明显下降，应加强虫情测报，三代以后幼虫达成20-25头/100株时，要及时进行防治。
五、化控不科学。有的棉农根据种植普通棉习惯，在苗期就对抗虫棉进行化控，由于抗虫棉前期生长缓慢，棉株过于矮小，而影响产量。一般应在7月中旬，打顶后7天进行化控一次，株高控制在70厘米左右为宜。
六、后期管理粗放。抗虫棉霜后花较多，但后期生长势弱，易早衰，应及时加强肥水管理，在8月上旬，每亩结合浇水施尿素5-6千克，8月下旬每隔一周根外追肥一次，喷施3000-4000倍磷酸二氢钾加1-2%尿素溶液，连续喷2-3次。在抗虫棉生长后期病虫害易滋生蔓延，特别是棉红蜘蛛会蔓延成灾，应加强病虫害的防治，配合根外追肥喷施杀虫剂、杀菌剂、杀螨剂，如20%螨速杀1000倍液、1.8%阿维菌素（虫螨克）1000-1500倍液等，有条件时几种农药可交替使用。
