到目前为止，我国养殖所需的遮目鱼苗全部靠捕捞天然苗。自然海区鱼苗出现的时间各地略有不同，海南省沿海在清明节后就可捕到天然苗，从5-6月份至8-9月份均可捕到。台湾省沿海天然苗出现季节为4-8月份，盛产期4-5月份和8月份，在满月或新月期间，如在春潮期间的捕获量最大。6月下旬至8月上旬，正值台风或暴风雨期，受气候、温度和风浪等影响，鱼苗捕获量很少，冬季见不到遮目鱼苗。遮目鱼苗一般活动在水深5-15厘米的沿岸浅滩处据有关资料，越接近赤道的地区，天然苗出现的季节越长，随着纬度变高，鱼苗出现季节越短。
捕获遮目鱼苗最常用的工具是手叉网，捕苗人在齐胸深的水中向前推动手叉网捕获鱼苗；在一些地方也使用拖网，这种拖网由两根绳子拖曳，其中一根系在竹排上，另一根由一个人沿着岸边拖曳，如在浅滩，也可由两个人各自拖住翼网端进行拖曳；1967年，台湾的捕苗人开始使用机动小舢板捕获遮目鱼苗，两张网，一边一条船拖曳，可以在离岸1000米远的海面捕苗，这比用传统方法捕苗效率提高了许多倍。
鱼苗运输前不要喂食，将装鱼苗的桶清洗干净，水全部更换，加入淡水以降低盐度，盐度调节取决于培苗池水的盐度。然后将鱼苗装入双层塑料薄膜袋中，装水50-60%，充入纯氧，用橡皮筋扎紧袋口，然后将塑料袋放入包装箱中，并在鱼袋四周加置用塑料薄膜袋装着的冰块，然后封口，以防将塑料袋刺破，如果是长途运输（3-7天），则要每天换水和投喂。在菲律宾，人们用活水船运输3厘米以上的鱼苗，船上装有水泵，在行进途中，不停地向外抽水，使外源水不断从活水舱底孔流入。当船行经泥水或受污染的水域时，即将活水舱孔塞住，利用水泵抽水进行内循环。
